1. Filo: Acidobacteria

• Se consideran oligotróficas debido a que se encuentran en alta concentración en lugares de baja concentración de carbono orgánico. La mayoría de estas son acidófilas y aerobias. Muchas de las especies de este filo se encuentran en el suelo representando un total del 52% de la población bacteriana del suelo. También se encuentran en el océano, aguas termales, cuevas y suelo contaminados con metales. Su capacidad para producir altas cantidades de exopolisacáridos le permite que crezca en ambientes ácidos y sitios químicamente contaminados. 

• Clases: 

  • Acidobacterias

  • Blastocatellia

  • Holofagas

• Especies: 

  • Acidobacterium capsulatum

  • Holophaga foetida

  • Geothrix fermentans

  • Acanthopleuribacter pedis

 

2. Filo: Actinobacterias

• Son bacterias ubicuas gram positivas con alto contenido de guanina y citosina en el ADN.  Tienen una morfología filamentosa característica y se dedican a la descomposición de todo tipo de sustancias orgánicas. Este filo se divide en 16 órdenes y 6 clases. Tienen la capacidad de producir metabolitos secundarios.  De las actinobacterias, se han aislado alrededor de 10,000 antibióticos, lo que representa un 45% de todos los metabolitos microbianos bioactivos descubiertos. Estos exhiben estructuras ramificadas filamentosas que se fragmentan en forma de bacilo o coco. La mayor parte se encuentran en el suelo, pero hay algunas que habitan en plantas y animales.

• Clases:

  • Actinobacteria

  • Acidimicrobiia

  • Coriobacteriia

  • Nitriliruptoria

  • Rubrobacteria

  • Thermoleophilia

• Especies:

  • Bifidobacterium adolescentis

  • Actinomyces naeslundii

  • Corynebacterium diphtheriae

  • Corynebacterium ulcerans

 

3. Filo: Aquificae

• Son bacterias que se encuentran en ambientes hostiles. Se han encontrado en aguas termales, piscinas de azufre y fumaroles termales del océano. Estos son productivos en agua a una temperatura entre 85 y 95 ° C. Son dominantes en la mayoría de las aguas termales neutras y alcalinas terrestres por encima de los 60 C. Son autótrofos y son los principales fijadores de carbono en estos entornos. Son bacterias verdaderas en comparación con los otros miembros  de ambientes extremos, las Archaea.  Este filo está compuesto por bacterias termofílicas e hipertermófilas, que crecen en ambientes hidrotermales marinos y terrestres. La mayoría de las especies son quimiolitoautótrofos; sin embargo, algunos también crecen heterotróficamente

• Clases:

  • Aquificae

• Especies:

  • Aquifex pyrophilus

  • Aquifex aeolicus

  • Hydrogenivirga calditorris

  • Thermocrinis albus

 

4. Filo: Bacteroidetes

• Están distribuidos ampliamente en el medio ambiente,incluyendo el suelo, los sedimentos y el agua de mar, así como en las tripas y en la piel de los animales. La mayoría de estos organismos son especies simbióticas en el tracto gastrointestinal. Algunas de sus especies son oportunistas o patógenos. Son abundantes en el tracto intestinal, donde llevan a cabo conversiones metabólicas esenciales como la degradación de proteínas o polímeros de azúcar complejos.  

• Clases:

  • Bacteroidia

  • Balneolia

  • Chitinophaga

  • Cytophagia

  • Flavobacteriia

  • Rhodothermia

  • Sphingobacteriia

• Especies:

  • Bacteroides fragilis

  • Bacteroides barnesiaes

  • Bacteroides thetaiotaomicron

  • Bacteroides clarus

 

5. Filo: Chlamydiae

• Sus miembros son patógenos gram negativos intracelulares obligados. Son tan pequeños o más pequeños que muchos virus. Muchas de sus especies coexisten en un estado asintomático dentro de huéspedes eucariotas. Las clamidias se replican dentro de las células huésped y se denominan intracelulares.. Las especies intracelulares se encuentran en un cuerpo de inclusión o vacuola. Fuera de las células sobreviven sólo como una forma infecciosa extracelular. Solo pueden crecer donde crecen sus células huésped. Por lo tanto, no pueden propagarse en medios de cultivo bacteriano en el laboratorio clínico. 

• Clases:

  • Chlamydiaceae

• Especies:

  • Chlamydia trachomatis

  • Chlamydophila pneumoniae

  • Chlamydophila psittaci

 

6. Filo: Armatimonadetes

• Es un filo de bacterias gram negativas. Armatimonas rosea es una bacteria gramnegativa y la primera especie que se caracteriza dentro del filo Armatimonadetes. Se definen como oligotrofos aeróbicos a base del suelo. Este filo se compone de dos clases, dos órdenes y dos familias. Tienen la capacidad de descomponer materiales vegetales, sustancias a base de polisacáridos y biomasa fotosintética. Esto podría explicar porque son más abundantes en lugares con vegetación que en aquellos que no tienen. Estos se encuentran en una amplio rango de temperaturas y nichos ambientales, como hábitats terrestres hábitats acuáticos, piel humana, biorreactores anaeróbicos y plantas de tratamiento de aguas residuales, suelos geotérmicos; y manantiales.

• Clases:

  • Armatimonadia      

  • Chthonomonadetes

• Especies: 

  • Armatimonas rosea

  • Chthonomonas calidirosea

 

7. Filo: Caldiserica

• Este filo se identificó a partir del linaje del gen 16S rRNA de aguas termales "OP5" y recibió el nombre del aislado Caldisericum, un quimioheterótrofo reductor de azufre de aguas termales. Estas bacterias gram negativas son filamentosas multicelulares con envolturas externas. No tienen la capacidad de formar esporas y tampoco son móviles. Estos microorganismos tienen crecimiento anaeróbico y son quimioheterótrofos utilizando tiosulfato, sulfito y azufre elemental como aceptores de electrones. La mayoría tiene crecimiento óptimo a pH neutro, en condiciones termofílicas, no halofílicas.

• Clases:

  • Caldisericia

• Especies:

  • Caldisericum exile

 

8. Filo: Cholorobi

• Descripción: Las bacterias de azufre verde (la familia Chlorobiaceae) son bacterias fototróficas anóxicas que crecen solo en condiciones estrictamente anóxicas. Forman un grupo aislado filogenéticamente dentro del dominio Bacteria (Phylum Chlorobi), con cepas de agua dulce agrupadas por separado de las cepas marinas. Son fotolitotrofos anaeróbicos obligatorios, que usan sulfuro o azufre elemental y, en algunas especies, tiosufactura, hidrógeno molecular o hierro reducido, como donador de electrones para la fotosíntesis anoxigenada. Algunas especies también pueden fotoasimilar algunas sustancias orgánicas. Los electrones del compuesto de azufre reducido se utilizan para la reducción asimilatoria de CO2 a través del ciclo reductor del ácido tricarboxílico. La oxidación del sulfuro da como resultado la formación de glóbulos de azufre, que se depositan fuera de la célula.

• Clases: 

  • Chlorobia

  • Ignavibacteria

• Especies:

  • Melioribacter roseus

  • chlorovibrioides Chlorobium

  • Chloroherpeton thalassium

 

9.  Filo: Chloroflexi

• Descripción: El phylum Chloroflexi es una de las grandes bacterias que contienen filo con varias características metabólicas. La morfología filamentosa es la característica típica de la mayoría de las clases: los organismos pertenecientes a las clases Cloroflexi, Anaerolineae, Caldilineae y Ktedonobacteria son bacterias filamentosas multicelulares. De estas seis clases, solo la clase Chloroflexi consiste en bacterias fototróficas. Este grupo fototrófico, llamado bacteria fototrófica anóxica filamentosa, se distribuyó en tres familias (Chloroflexaceae, Oscillochloridaceae y Roseiflexaceae) en la clase y comparte las siguientes características en común: morfología filamentosa multicelular, movilidad deslizante y actividad fotosintética anoxigenica. 

• Clases:

  • cloroflexi

  • anaerolineae

  • caldilineae

  • ktedonobacteria

  • dehalococcoidetdia

  • thermomicrobia

• Especies:

  • Chloroflexus Aurantiacus

  • Oscillochloris trichoides

  • Herpetosiphon giganteus

 

10. Chrysiogenetes

• Descripción: El filo Chrysiogenetes está representado actualmente por una sola especie, que según los informes era distinta de los miembros de otros filos. La ubicación exacta es actualmente incierta, pero es probable que exista una relación distante con los Deferribacteres. Células gram negativas, móviles, curvas y en forma de bastón. Mesofílico, que exhibe respiración anaeróbica en la que el arseniato sirve como aceptor de electrones.

• Clases:

  • Chrysiogenetes

• Especies:

  • Desulfurispira natronophila

  • D. alkaliphilum Sorokin 

  • D. indicum

​​

11.Cyanobacteria 

• Descripción: Las cianobacterias son acuáticas y fotosintéticas, viven en el agua y pueden fabricar sus propios alimentos. Debido a que son bacterias, son bastante pequeñas y generalmente unicelulares, aunque a menudo crecen en colonias lo suficientemente grandes como para verlas. Son los fósiles más antiguos conocidos, tienen más de 3.500 millones de años. Las cianobacterias todavía están presentes; son uno de los grupos de bacterias más grandes e importantes en la tierra. Muchos depósitos de aceite proterozoico se atribuyen a la actividad de las cianobacterias. También son importantes proveedores de fertilizantes nitrogenados en el cultivo de arroz y frijoles. Las cianobacterias también han sido importantes en la configuración del curso de la evolución y el cambio ecológico a lo largo de la historia de la Tierra. La atmósfera de oxígeno fue generada por numerosas cianobacterias durante las Eras Arqueanas y Proterozoicas. Antes de ese momento, la atmósfera tenía una química muy diferente, inadecuada para la vida tal como la conocemos hoy. Otra gran contribución de las cianobacterias es el origen de las plantas. El cloroplasto con el que las plantas producen alimento para sí mismas es en realidad una cianobacteria que vive dentro de las células de la planta. En algún momento a fines del Proterozoico, o al principio del Cámbrico, las cianobacterias comenzaron a establecerse en ciertas células eucariotas, produciendo alimento para el huésped eucariota a cambio de un hogar. Este evento se conoce como endosimbiosis y también es el origen de la mitocondria eucariota. Debido a que son fotosintéticos y acuáticos, las cianobacterias a menudo se llaman "algas verdeazuladas". Este nombre se utiliza para hablar de organismos en el agua que producen sus propios alimentos, pero no refleja ninguna relación entre las cianobacterias y otros organismos llamados algas. Las cianobacterias son parientes de la bacteria, no eucariotas, y es solo el cloroplasto en las algas eucariotas con el que están relacionadas las cianobacterias.

• Clases: 

  • Chroobacteria

  • Hormogoneae

  • Gloeobacteria

• Especies

  • Microcystis aeruginosa

  • Cylindrospermopsis raciborskii

  • Anabaena circinalis

  • Cyanophora paradoxa

  • Nostoc commune

​​

12. Deferribacteres

• Se consideran dentro de este filo aquellas bacterias quimiorganótrofas que contienen una gran diversidad metabólica en respecto al último aceptador de electrones utilizado para la respiración anaeróbica. La mayoría de las especies pueden crecer mediante respiración anaeróbica de nitrato a nitrito o amonio. Son Gram-Negativas, en forma de bacilo y también pueden producir energía a través de fermentación.

•  Clase:

        o    Deferribacteres

• Especies:

        o   Calditerrivibrio nitroreducens

        o   Deferribacter abyssi

        o   Deferribacter autotrophicus

        o   Deferribacter desulfuricans

        o   Deferribacter thermophilus

​

13. Deinococcus-Thermus

• Este filo incluye muchas especies que son resistentes a la radiación. Tienen pared celular gruesas, son Gram-Positivas. Es considerado uno de los filos con más bacterias extremófilas. Muchas se han extraído de suelos áridos, sitios radiactivos, sedimento contaminado con desperdicio nuclear, agua, intestino humano, entre otros.

•  Clase:

o    Deinococci

• Especies:

        o   Deinobacter grandis

        o   Deinobacterium chartae

        o   Deinococcus actinosclerus 

​

14. Dictyoglomi

• Son bacterias gram-negativas, termofílicas y anaerobias. Se distinguen por la formación de cuerpos esféricos en la fase estacionaria de crecimiento, no se entiende la función todavía de este comportamiento. La mayoría hacen fermentación de carbohidratos simples y algunas pueden crecer en celulosa cristalina.

• Clase:

         o   Dictioglomia

• Especies:

         o   Dictyoglomus thermophilum

         o   Dictyoglomus turgidum

         o   Dictyoglomus turgidus

​

15. Elusimicrobia

• Antes clasificada como “Grupo Termita 1”, son bacterias anaerobias obligadas que hacen únicamente fermentación. Estas contienen genomas relativamente pequeños. Miembros de la clase Endomicrobia han sido aislados exclusivamente del intestino de insectos.

• Clases:

         o   Elusimicrobia

         o   Endomicrobia

• Especies:

         o Elusimicrobium minutum

         o   Endomicrobium proavitum 

​

16. Fibrobacteres

• Es un pequeño filo de bacterias degradadoras de celulosa que incluye la mayoría de las bacterias encontradas en el rumen. Se creía que se encontraban exclusivamente en el intestino de animales mamíferos, pero se han extraído de vertederos y lagos de agua dulce.

• Clases:

        o   Fibrobacteria

        o   Chitinivibrionia

        o   Chitinispirillia

• Especies:

        o   Fibrobacter succinogenes

        o   Fibrobacter intestinalis

​

17.Firmicutes

• La mayoría son bacterias Gram-positivas, hay tanto formadoras de endosporas como no formadoras. Es el principal filo bacteriano que contiene más de 250 géneros como: Mycoplasma, Clostridium, Lactobacillus, entre otros. 

• Clases:

  • Bacilli

  • Clostridia

  • Erysipelotrichia

  • Limnochordia

  • Negativicutes

  • Thermolithobacteria

  • Tissierellia

• Especies:

  • Listeria aquatica

  • Aeribacillus composti

  • Sarcina Maxima

  • Anaerospora hongkongensis

  • Staphylococcus Aureus

​​

18. Fusobacteria

• Son bacterias, no formadoras de esporas, no motiles, gram-negativas, anaerobias obligadas que se reconocen por causar enfermedades humanas, como el síndrome de Lemierre. Se caracterizan por la formacion de acido butirico como producto principal del metabolismo. 

• Clase:

  • Fusobacteriia

• Especies:

  • Fusobacterium necrophorum

  • Leptotrichia buccalis

  • Streptobacilus monoliformis

  • Sebaldella Termiditis

​​

19. Gemmatinomadetes

• Son bacterias que componen el 2% de comunidades bacterianas de suelos. Este filo fue propuesto basado en un único cultivo de Gemmatimonas aurantica. Se ha aislado de suelos áridos, pastizales, sedimentos de lagos y suelos alpinos. Se encuentra mayormente en condiciones ambientales de baja humedad, pero se ha encontrado que bacterias de este filo prefieren condiciones más secas. La misma es capaz de crecer en condiciones aerobias y anaerobias.

• Clases:

  •    Gemmatimonadetes

  •   Longimicrobia

 

• Especies:

  • Gemmatimonas aurantiaca

  • Longimicrobium terrae

​

    20. Lentisphaerae

• Es un filo de bacterias que están relacionadas cercanamente a los filos de Chlamydiae y Verrucomicrobia. Los miembros de este filo suelen ser aerobios o anaerobios. Se han reconocido bajo dos diferentes fenotipos. Uno de los fenotipos es aislado del intestino de aves y mamíferos, el otro fenotipo es aislado de microorganismos marinos: peces y corales.

• Clases:

  • Lentisphaeria

  •  Oligosphaeria

• Clases:

  •  Lentisphaera araneosa

  • Lentisphaera marina

  • Lentisphaera profundi 

  • Oligosphaera ethanolica

​​

21.  Filo: Nitrospirae

• Son bacterias Gram-negativas, curvas, vibrioides o espirales. Su metabolismo es diverso ya que la mayoría de los géneros son quimioleótrofos aeróbicos que incluyen nitrificadores, reductores de sulfato disimiladores y formas magnetotácticas. Juega un papel crucial en el ciclo del nitrógeno al realizar la oxidación de nitrito en el segundo paso de la nitrificación.   Al principio, se pensó que se limitaban a los ecosistemas marinos, pero más adelante, se descubrió que era adecuado para numerosos hábitats, que incluyen los lodos activados de los sistemas de tratamiento de aguas residuales, entornos marinos biológicos naturales, biofiltros de circulación de agua en tanques de acuarios, sistemas terrestres, frescos y ecosistemas de agua salada y aguas termales. 

• Clases:

  • Nitrospiria

• Especies:

  • Nitrospira marina

  • Nitrospira moscoviensis

​​

22. Filo: Planctomycetes

• Son bacterias acuáticas, Gram-negativas y habitan mayormente en cuerpos de agua salobre, marina y dulce. En su estructura, los organismos de este grupo son ovoides y tienen una fijación firme en el tallo que los ayuda a unirse entre sí durante la gemación. Durante mucho tiempo se consideró que las bacterias pertenecientes a este grupo carecían de peptidoglucano en sus paredes celulares, sino que estaban formadas por glicoproteína que es rica en glutamato. Sin embargo, estudios recientes encontraron que los representantes de los tres clados dentro de Planctomycetes poseían paredes celulares que contenían peptidoglucano.

• Clases:

  • Phycisphaerae

  • Planctomycetacia

• Especies:

  • Gemmata obscuriglobus

  • Tepidisphaera mucosa

​​

23. Filo: Proteobacteria

• Son bacterias Gram-negativas, con una membrana externa compuesta principalmente por lipopolisacáridos. Muchos se mueven utilizando flagelos, pero otros no son móviles o dependen del deslizamiento bacteriano. La mayoría de los miembros son anaeróbicos, quimioautótrofos y heterótrofos facultativa u obligatoriamente. Una variedad de géneros, que no están estrechamente relacionados entre sí, convierten la energía de la luz a través de la fotosíntesis. Estas se llaman bacterias moradas, debido a su pigmentación mayormente rojiza. Las proteobacterias se dividen en seis secciones, referidas por las letras griegas alfa a zeta, basadas en sus secuencias de ARN ribosomal.

• Clases:

  • Alphaproteobacteria

  • Betaproteobacteria

  • Deltaproteobacteria

  • Gammaproteobacteria

  • Epsilonproteobacteria

  • Zetaproteobacteria

• Especies:

  • Rickettsia rickettsii

  • Bordetella pertussis

  • Bdellovibrio bacteriovorus

  • Escherichia coli

  • Campylobacter jejuni

  • Mariprofundus ferroxydans

​​

24. Filo: Spirochaetes

• Son bacterias de doble membrana caracterizadas por sus células largas en forma de espiral. Habitan en sedimentos marinos, profundidades del suelo, en el intestino de los artrópodos y en los vertebrados como parásitos obligados. También pueden ser de vida libre o asociados con el huésped, patógenos o no patógenos, y aeróbicos o anaeróbicos. Se distinguen por la ubicación de sus flagelos debido a que se extienden longitudinalmente entre las membranas interna y externa en el espacio periplásmico. Esto produce un movimiento de torsión que permite que se mueva la espiroqueta. Durante la reproducción, la espiroqueta es capaz de sufrir reproducción asexual a través de fisión binaria lo que permite la producción de dos espiroquetas separadas.

• Clases:

  • Spirochaetia 

• Especies:

  • Borrelia burgdorferi

  • Treponema pallidum

​​

25. Filo: Synergistetes

• Son bacterias anaerobias, Gram-negativas, en forma de varilla. Aunque los Synergistetes tienen doble membrana, los genes para diversas proteínas involucradas en la biosíntesis de lipopolisacáridos aún no se han detectado en Synergistetes. Esto puede indica que poseen una envoltura celular atípica externa. Estos habitan la mayoría de los entornos anaeróbicos, incluidos los tractos gastrointestinales animales, el suelo, los pozos de petróleo y las plantas de tratamiento de aguas residuales. Se han identificado otras especies de este filo como contribuyentes importantes en la degradación del lodo para la producción de biogás en digestores anaerobios y son candidatos potenciales para su uso en la producción de energía renovable a través de su producción de gas hidrógeno.

• Clases:

  • Synergistia

• Especies:

  •  Pyramidobacter piscolens

​​

26. Filo: Tenericutes

• Son bacterias Gram-negativas, asociadas a células obligatorias que han perdido sus paredes celulares y muchas vías bioquímicas, siendo dependientes de sus células huésped. Los géneros médicamente relevantes incluyen Mycoplasma, Ureaplasma y Acholeplasma. 

• Clases:

  • Mollicutes

• Especies:

  • Mycoplasma pneumoniae

  • Ureaplasma cati

​​

27. Filo: Thermodesulfobacteria

• Son Gram-negativas en forma de bastón que poseen una capa de membrana externa que forma protuberancias. Tambien, son quimioheterótrofos termofílicos, estrictamente anaeróbicos, que exhiben un metabolismo disimilatorio reductor de sulfato.

• Clases:

  • Thermodesulfobacteria 

• Especies: 

  • Thermodesulfobacterium commune

  • Thermodesulfobacterium thermophilum

​​

28. Filo: Thermomicrobia

• Se ramifica profundamente en los principales árboles de referencia y está relacionado de forma distante con los cloroflexos. Son bacterias Gram-negativas en forma de varilla, no móviles, cortas y de forma irregular. Se encuentran en una amplia gama de hábitats acuáticos y terrestres. También, sufre variación en su metabolismo básico. No hay diaminoácidos presentes en peptidoglucano en una cantidad significativa. Además, su temperatura óptima de crecimiento es de 70–75 ° C y es obligatoriamente aeróbico y quimioorganotrófico.

• Clases:

  •  Thermomicrobiales

• Especies:

  • Thermomicrobium roseum

  • Sphaerobacter thermophilus

​​

29. Filo: Thermotogae

• Se compone de bacterias anaerobias, termofílicas y mesofílicas rodeadas por una capa externa en forma de envoltura denominada "toga". Son Gram-negativas, pero debido a la ausencia de una membrana celular externa arquetípica, se consideran bacterias monodermo. Las especies de termotoga han experimentado intercambios de genes con otros procariotas pero de manera limitada y no han afectado la distinción de especies de este filo. En adición, tiene una gran habilidad para metabolizar de manera eficaz numerosos sustratos orgánicos y se han convertido en un punto focal importante para diferentes aplicaciones biotecnológicas.

• Clases:

  • Thermotogae

• Especies:

  • Thermotoga maritima

  • Thermotoga neapolitana

​​

30. Filo: Verrucomicrobia

• Son bacterias Gram-negativas en forma de coco o bastón. Se han aislado de agua dulce, ambientes marinos, del suelo y de heces humanas. Se han identificado varias especies aún no cultivadas en asociación con huéspedes eucariotas, incluidos ectosimbiontes explosivos extrusivos de protistas y endosimbiontes de nematodos que residen en sus gametos. A este filo se le llama así  por su morfología similar a la verruga y porque son agentes causales de la misma.

• Clases:

  • Verrucomicrobiae

  • Opitutae

  • Spartobacteria

• Especies: 

  • Akkermansia muciniphila

  • Verrucomicrobium spinosum